La Coordinadora Rural existe desde setiembre de 1990, fecha en que un grupo de organizaciones campesinas y ONGs de la Sierra Peruana se asociaron para ejecutar un programa de emergencia por sequía, que tuvo una duración de un año. A partir de esta experiencia de trabajo comjunto, la Coordinadora Rural se constituyó como consorcio con personería jurídica e inició la ejecución del Programa Campesino de Desarrollo Rural Andino (conocido como PROCADERA) que duró hasta junio de 1996. En julio de 1996 comenzó una nueva etapa que enfatiza la creación de espacios de encuentro y trabajo conjunto entre ONGs y organizaciones campesinas, la formación de recursos humanos para la gestión del desarrollo sostenible, la búsqueda de respuestas viables a la problemática del campesinado andino y la formulación, a partir de la práctica de los asociados, de propuestas y políticas de desarrollo del Ande rural con el fin de ofrecerlas a los campesinos y al Estado para su adopción